Obor archeologie byl na FF MU zaveden profesorem Emanuelem Šimkem roku 1930 založením Ústavu pro prehistorii a protohistorii. Jeho vedení převzal roku 1958 prof. František Kalousek, který jej přejmenoval na Katedru prehistorie a národopisu, od roku 1961 na Katedru prehistorie. Za jeho vedení byly založeny stálé terénní vědecké stanic Pohansko u Břeclavi a Těšetice-Kyjovice, na nichž začali být studenti systematicky proškolováni ve všech etapách archeologické terénní praxe. Rovněž byla zřízena v suterénu budovy C archeologická laboratoř, kde studenti pod vedením laboranta prováděli laboratorní zpracování mobiliáře z výzkumů.

Od roku 1970 byl vedoucím katedry doc. Bořivoj Dostál, který významně přispěl především k rozvoji technického i vědeckého zázemí výzkumu Pohanska u Břeclavi. V rámci laboratoře se rozvíjí i restaurátorská praxe cenného mobiliáře velkomoravských hrobů (zvl. šperku).

Postupem normalizace byl doc. Dostál již po dvou letech nahrazen ve vedení doc. Radko Martinem Perničkou, který vedl katedru až do roku 1986. V tomto období dochází ke snížení počtu pracovníků i přijímaných studentů a je třeba konstatovat nucenou rezignaci na celou řadu výzkumných i metodologických trendů. Roku 1977 byla ke Katedře prehistorie přidružena Katedra muzeologie. Tříleté období 1986 – 1989 jen prohloubilo stagnaci rozvoje oboru způsobenou ideologickým omezením zaměření i omezením volného vědeckého kontaktu se zahraničím s výjimkou orientace na archeologii Sovětského svazu. Samostatná katedra zaniká a je připojena jen jako oddělení ke Katedře dějin SSSR a socialistických států.

Prof. Bořivoj Dostál se vrátil k vedení obnovené katedry již 1. 1. 1990. Období následujících čtyř let vedlo k výrazné obrodě metodologických přístupů, obnovení a rozvinutí kontaktů se zahraničními badateli a obnovení vysoké vědecké úrovně školních terénních výzkumů. Tyto změny přirozeně pozitivně obohatily také výuku a vzdělávání budoucích archeologů. Na půdě Katedry archeologie vzniklo v té době mimo jiné i stěžejní kompendium Pravěké dějiny Moravy (1993) jehož editorem byl prof. Vladimír Podborský. Ten se stal vedoucím katedry v letech 1994 – 1998. V tomto období je podpora směřována i k rozvoji druhé terénní školní stanice Těšetice – Kyjovice, jsou organizovány a podporovány hojné konference a vědecká setkání pravěkých archeologů. Vědečtí pracovníci ÚAM spolupracují na řadě mezinárodních grantů. Zároveň bylo díky aktivitám doc. Zdeňka Měřínského začleněno a postupně rozšiřováno i vzdělávání ve středověké archeologii, do té doby obecně v ČR pomíjené. Tyto snahy vyústily roku 1996 v otevření dalšího stálého školního terénního výzkumu na hradě Rokštejn, který s výjimkou roku 1998 probíhá kontinuálně dosud. Tím byla vyplněna i mezera v praktickém školení, studenti se nyní seznamují s archeologickou exkavací ve všech jejích běžných formách (polykulturní pravěké sídliště na spraši v Těšeticích, komplexní zázemí fortifikovaného raně středověkého centra na písčitých půdách a v lužním lese a specifické stratigrafie zaniklého hradního sídla).

Prof. Zdeněk Měřínský vedl Ústav archeologie a muzeologie od roku 1999 do roku 2015, součástí ÚAM se roku 2004 stalo Oddělení klasické archeologie a roku 2009 Oddělení Pravěké archeologie Předního východu s vlastním zahraničním terénním výzkumem v Sýrii. V roce 1999 získal ÚAM šestiletý výzkumný záměr MŠMT „Centrum archeologických výzkumů sociálních struktur pravěku až vrcholného středověku“ (1999 – 2004), na nějž navázal dalším sedmiletým VZ „Interdisciplinární centrum výzkumů sociálních struktur pravěku až vrcholného středověku“ (2005 – 2011). Významnými impulzy pro inovaci a rozvoj pedagogické činnosti bylo získání grantů GA ČR „Moravskoslezská škola archeologických doktorských studií“ (2006 – 2008), Moravskoslezská škola archeologických doktorských studií II (2009-2011) a OP VK grantu „Vzdělávání v moderních metodách archeologické praxe“ 2009 – 2012. Na tento grant v daleko širším záběru navázal OP VK projekt „Inovace výuky archeologie a muzeologie pro praxi v kontextu mezioborové a mezinárodní spolupráce“, který se zaměří především na rozvoj e-learningu, výuku praktických aplikací nových metod, výuku prezentačních forem a rozvoj mezinárodní a mezioborové kooperace všech oddělení ÚAM (2012-2015). V letech 2013-2016 byl ÚAM hlavním řešitelem projektu  Program aplikovaného výzkumu a vývoje národní kulturní identity NAKI (DF13P01OVV005) „ Historické využívání krajiny Českomoravské vrchoviny v pravěku a středověku“. Projekt byl řešen ve spolupráci s Mendelovou univerzitou v Brně, Archeologickým ústav AV ČR, Brno, v. v. i., Archaia Brno o. p. s. a   Muzeem Vysočiny Jihlava, p. o. Významnými výstupy projektu jsou kromě odborných publikací i certifikované metodiky ochrany památek. Dalšími významnými partnerskými projekty řešenými v současnosti, je mezioborový projekt GA MU „Vztahy mezi člověkem, klimatem a vegetací v předindustriální krajině na různých prostorových měřítcích (CLOVEG)“, řešený ve spolupráci s Přírodovědeckou fakultou MU (2015-2017) a mezinárodní projekt GA ČR a  „Frontier, Contact Zone or No Man's Land? The Morava-Thaya Region from the Early to the High Middle Ages“ řešený ve spolupráci s Institut für Urgeschichte und Historische Archäologie - Universität Wien (2015-2017). Vedoucím ÚAM je od roku 2016 prof. Jiří Macháček.

Na ÚAM působili od počátku významné vědecké osobnosti své doby.