Ústav archeologie a muzeologie FF MU zastřešuje řadu excelentních výzkumných týmů a projektů. Výzkumné aktivity ÚAM se zabývají všemi hlavními zájmovými obdobími archeologie, ale zaměřují se také na metodologické výzkumy, stejně jako na mezioborový výzkum ve spolupráci s řadou přírodovědných oborů. Ve svém souhrnu je výzkumná pozornost zaměřována z teoretického i z praktického hlediska na sídelní prostor v krajinném rámci a jeho proměny v čase, prostorovou archeologii, dynamiku sociálních proměn v minulosti, pravěké a středověké technologické procesy a jejich environmentální dopady, i vztah člověka k přírodnímu prostředí. Vytváříme metodologické standardy pro archeologické prospekční i exkavační procesy a památkovou ochranu. Součástí činnosti ÚAM je i metodologie péče o hmotné památky kulturního dědictví, jejich záchranu, konzervaci a prezentaci (UNESCO Chair on Museology and World Heritage).